Gdy zmodernizowany budynek będzie wykorzystywany zarówno do działalności podlegającej opodatkowaniu VAT, zwolnionej, jak i niepodlegającej VAT, w pierwszej kolejności należy obliczyć podatek naliczony według udziału procentowego, w jakim dana nieruchomość wykorzystywana jest do prowadzenia działalności gospodarczej. Następnie w stosunku do pozostałej części podatnik ma prawo do odliczenia podatku według proporcji.