Wydatki kwalifikowalne to takie, które są niezbędne do realizacji projektu, a ponadto mają bezpośredni związek z wytyczonymi celami. Ich prawidłowa kwalifikacja i ewidencja księgowa pozwala prawidłowo rozliczyć koszty projektu i uniknąć zwrotu błędnie zakwalifikowanych kosztów, a nawet całej dotacji.