Sprawa dotyczyła spółki prowadzącej działalność gospodarczą w zakresie wytwarzania energii elektrycznej. W związku z dużą liczbą wystawianych dokumentów firma wdrożyła elektroniczny system wymiany faktur. System pozwala jednocześnie na wystawienie i wymianę faktur w procesie samofakturowania, w ramach którego można wystawiać faktury stwierdzające dokonanie na jego rzecz dostaw (np. energii). Faktury takie są następnie w systemie akceptowane i pobierane przez podmioty, które podpiszą stosowną umowę. System posiada też odpowiednie zabezpieczenia.
Spółka zapytała ministra finansów, czy sposób przesyłania faktur w formie elektronicznej zapewnia autentyczność pochodzenia i integralność ich treści w rozumieniu rozporządzenia w sprawie e-faktur.
Organ podatkowy odmówił wydania interpretacji. Uznał, że nie jest uprawniony do oceny wypełnienia warunków zapewnienia autentyczności pochodzenia i integralności treści przesyłanych faktur, ponieważ wymaga to wiedzy specjalistycznej. Zatem takiej weryfikacji będzie mógł dokonać właściwy organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej w toku kontroli podatkowej lub skarbowej. Organ podatkowy wyjaśnił, że postępowanie w sprawie wydania interpretacji indywidualnej, stosownie do treści art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej, opiera się jedynie na interpretacji prawa podatkowego.
Sprawa trafiła do WSA w Poznaniu.