Jak poprawnie wystawić fakturę do sprzedaży udokumentowanej paragonem?

Podatnik prowadzi sklep spożywczy. Zdarza się, że jest proszony o wystawienie faktury za zakupiony towar. Do tej pory podatnik wystawiał wszystkim fakturę do paragonu i sprzedaż ujęta była w raporcie miesięcznym. Jednak po wprowadzeniu JPK_VAT i JPK_Faktura, pojawiają się wątpliwości. Jaką fakturę wystawić dla: osoby fizycznej, firmy, gminy czy stowarzyszenia? Przedsiębiorca wysyła JPK_VAT za pomocą programu e-mikrofirma. Czy w tym programie trzeba wystawiać faktury do paragonu, czy też można je wystawić w innym programie do wystawiania faktur? Jak będzie w przypadku faktury VAT do paragonu i nie do paragonu – czy w programie e-mikrofirma wpisywać trzeba wszystkie pozycje faktury, podając pozycje towarowe, czy wystarczy tylko napisać, np. sprzedaż opodatkowana stawką VAT 23% lub inną stawką?