Zarówno przeprowadzenie, jak i wyniki inwentaryzacji należy odpowiednio udokumentować i powiązać z zapisami ksiąg rachunkowych. Zatem zbierając dokumenty, należy pamiętać, że będą one wykorzystane nie tylko na potrzeby bilansowe, ale także podatkowe. Informacje, które z nich będą podstawą do oceny, czy można niedobory inwentaryzacyjne zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów, a także czy nie ma konieczności skorygowania VAT naliczonego.