Jednym z częściej pojawiających się problemów związanych z pracą księgowych jednostek publicznych jest prawidłowe rozróżnienie nakładów poniesionych na remont od tych wykorzystanych na ulepszenia. Ma to istotne znaczenie, od tego bowiem, do której kategorii zakwalifikujemy daną kwotę, zależy poprawność klasyfikacji budżetowej. W praktyce wiele kłopotów sprawia również odróżnienie zakupu materiałów od nabycia usług.