Kontrolowany podatnik ma również prawo ustanowić pełnomocnika, który będzie go reprezentował przed organami podatkowymi. Aktualnie przepisy Ordynacji podatkowej przewidują kilka rodzajów pełnomocnictw, w tym: ogólne, szczególne, do doręczeń, a także do podpisywania deklaracji. Począwszy od 1 stycznia 2016 r., w związku z wykreśleniem art. 281a powołanej ustawy, nie ma już możliwości ustanowienia specjalnego reprezentanta podatnika na czas kontroli. To dlatego, że podczas czynności kontrolnych podatnika może reprezentować pełnomocnik ogólny (umocowany do działalna we wszystkich sprawach przed organami podatkowymi), względnie osoba, której udzielono pełnomocnictwa szczególnego, np. do reprezentowania mocodawcy w konkretnej sprawie, np. podczas kontroli podatkowej w zakresie rozliczeń w VAT za lipiec 2018 roku.