Obowiązek ewidencji w księgach rachunkowych przez organizacje pozarządowe dotyczy każdej operacji gospodarczej, bez względu na regulacje ustaw podatkowych. Ewidencja dotacji w księgach rachunkowych organizacji uzależniona jest od celu, na jaki dana kwota zostanie przeznaczona, a także od potrzeb indywidualnych oraz specyfiki tej jednostki.