Jak rozliczyć zakup od zagranicznego dostawcy, który nie posiada NIP-UE?

Dostałam fakturę od kontrahenta zagranicznego (prawdopodobnie z Anglii). Założyłam, że jest to dostawa wewnątrzwspólnotowa i tak też ją zaksięgowałam, naliczając i odliczając VAT oraz wykazując ją na VAT-UE. Niestety nie sprawdziłam kontrahenta, czy posiada NIP unijny. Po złożeniu deklaracji zadzwonił pracownik fiskusa z informacją, że VAT-UE jest nieprawidłowy i że musi anulować tę deklarację, ponieważ kontrahent ma za krótki NIP. Na fakturze nie ma informacji, że jest to faktura VAT ani nie ma podstawy zwolnienia. Z tego co się orientuję to również rachunki nazywają się teraz fakturą oraz nie ma obowiązku podawania podstawy zwolnienia z VAT. Może niesłusznie założyłam, że to nabycie wewnątrzwspólnotowe? Jak prawidłowo powinnam zaksięgować tę fakturę i w której pozycji wykazać na deklaracji VAT-7? Może w ogóle nie powinnam ujmować jej w rejestrze VAT?